EggNOG-Mapper es una herramienta bioinformática para la anotación funcional rápida de secuencias biológicas de genomas. Utiliza grupos ortólogos precomputados y filogenias de la base de datos eggNOG para transferir información funcional. Esto ofrece una precisión mucho mayor que las búsquedas tradicionales por homología (como BLAST), ya que evita transferir anotaciones erróneas desde genes parálogos cercanos. Se usa de forma común para anotar nuevos genomas, transcriptomas y catálogos de genes metagenómicos.
EggNOG-Mapper está licenciado como open source, concretamente bajo la Licencia Pública General de GNU, versión 3 (GPLv3). Mirar en referencias más abajo.
Para poder usar eggNOG-Mapper, una vez logueado en drago.csic.es, tendrá que cargar los siguientes módulos en mismo orden.
module load rama0.4 GCC/13.3.0 OpenMPI/5.0.3
module load eggnog-mapper
emapper.py -i secuencias_entrada.fasta -o resultado_anotacion --cpu $SLURM_CPUS_PER_TASK
Para evitar descargas redundantes que consuman espacio en el clúster, Drago cuenta con una base de datos centralizada y preconfigurada. No es necesario descargar copias locales en los directorios de usuario.Los archivos de la base de datos se encuentran en el sistema de almacenamiento rápido en la siguiente ruta:
/lustre/databases/eggNOG-mapper/
El directorio contiene los archivos esenciales para el funcionamiento de la herramienta:
Para gestionar, actualizar o comprobar el estado de estos archivos, se utiliza el script de administración asociado eggnog_data.py.
Adjuntamos un ejemplo para el empleo de la base de datos:
emapper.py -i secuencias_entrada.fasta -o resultado_anotacion --data_dir /lustre/databases/eggNOG-mapper/ --cpu $SLURM_CPUS_PER_TASK