MetaPhlAn es una herramienta computacional para el perfilado taxonómico de comunidades microbianas a partir de lecturas de secuenciación masiva (metagenómica). Utiliza marcadores de genes únicos específicos de clado para proporcionar una cuantificación precisa de la composición taxonómica a nivel de especie, permitiendo identificar bacterias, arqueas, virus y eucariotas.
Drago: 4.1.1
Rama: 0.4
Tipo de software: free
Categoría: bio
MetaPhlAn es software de código abierto.
Para poder usar MetaPhlAn una vez logueado en drago.csic.es, tendrá que cargar el módulo correspondiente. MetaPhlAn suele requerir un entorno de Python o Conda específico:
module load rama0.4 GCC/11.3.0 OpenMPI/4.1.4
module load MetaPhlAn/4.1.1
Creamos un script de Slurm (job_metaphlan.sh) con el siguiente contenido para procesar una muestra metagenómica:
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=generic
#SBATCH -N 1 #Nodos
#SBATCH -n 4 #CPUs
#SBATCH --mem=10G
#SBATCH --job-name=MPA_task
module load rama0.4 GCC/11.3.0 OpenMPI/4.1.4
module load MetaPhlAn/4.1.1
# Ejecución básica de MetaPhlAn
OUTPUT_FILE="./archivo.tsv" #lugar donde se guardará el archivo.tsv
BOWTIE2_OUT="./archivo.bowtie2.bz2" #lugar donde se guardará el .bz2
metaphlan archivo.fastq \
--bowtie2db /lustre/databases/metaphlan \
--bowtie2out "$BOWTIE2_OUT" \
--index mpa_vJun23_CHOCOPhlAnSGB_202307 \
--input_type fastq \
-x mpa_vJun23_CHOCOPhlAnSGB_202307 \
-o "$OUTPUT_FILE"