HybPiper es una suite de herramientas bioinformáticas diseñada para el procesamiento y análisis de datos de secuenciación masiva (NGS) dirigidos a la captura de exones (Target Enrichment / Hyb-Seq). Utiliza lecturas de secuenciación (procedentes de plataformas como Illumina) para realizar un ensamblaje de novo de genes diana y, posteriormente, extraer secuencias de nucleótidos y aminoácidos de exones e intrones (supercontigs). Es un software ampliamente utilizado en estudios de filogenómica, evolución y sistemática molecular de plantas y otros organismos. HybPiper está diseñado de forma modular y permite automatizar la búsqueda de homólogos mediante técnicas de alineamiento y ensamblaje paralelo.
HybPiper está licenciado como software libre y de código abierto bajo la licencia GNU General Public License v3.0 (GPL-3.0). Mirar en referencias más abajo.
Para poder usar HybPiper una vez logueado en drago.csic.es tendrá que cargar los siguientes módulos en el mismo orden.
module load rama0.4 GCC/13.3.0 OpenMPI/5.0.3
module load Hybpiper
Un flujo de trabajo básico para ensamblar un conjunto de lecturas (reads) emparejadas frente a un archivo de dianas (target file) se puede lanzar mediante el comando principal:
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=generic
#SBATCH --nodes=1 #Número de nodos donde se enviara el trabajo.
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=12G
#SBATCH --job-name=humann_full
module load rama0.4 GCC/13.3.0 OpenMPI/5.0.3
module load Hybpiper
hybpiper assemble -t_dna test_targets.fasta -r ejemplo*_test.fastq --prefix ejemplo --bwa
De cualquier forma podrá descargar scripts desde servicio Git del CSIC,en caso haber disponibles para este software, a continuación: