¶ SqueezeMeta
SqueezeMeta es una tubería completamente automática para metagenómica/metatranscriptómica, cubriendo todos los pasos del análisis..
¶ Disponibilidad
¶ Licencia
SqueezeMeta está licenciado como open source, concretamente GNU GPL. Mirar en referencias más abajo.
¶ Uso
¶ Versión SqueezeMeta/1.5.0
Para poder usar SqueezeMeta una vez logueado en drago.csic.es tendrá que cargar los siguientes módulos en mismo orden.
module unuse /dragofs/sw/campus/0.2/modules/all/Core
module unuse /dragofs/sw/restricted/0.2/modules/all/Core
module load foss/2021b
module load SqueezeMeta/1.5.0
¶ Versión 1.6.5 post1:
module load rama0.3 Mamba/23.1.0-4
conda create -n SqueezeMeta -c conda-forge -c bioconda -c fpusan squeezemeta=1.6 --no-channel-priority --override-channels
De esta manera descargaremos SqueezeMeta en nuestro home.
Para que SqueezeMeta funcione correctamente debemos modificar el fichero $HOME/.conda/envs/SqueezeMeta/SqueezeMeta/scripts/SqueezeMeta_conf_original.pl
Modificar el en bloque #-- External software la linea donde aparece minimap2_soft
Para configurar las bases de datos del repositorio de Drago y no consumir cuota se aconseja ejecutar:
configure_nodb.pl /lustre/databases/SqueezeMeta/db
¶ Ejemplos
Para activar nuestro entorno de SqueezeMeta y que no de fallos de minimap:
(base) .....
(base) .....module load rama0.3
(base) .....module load GCCcore/11.3.0
(base) .....module load minimap2/2.24
(base) ..... conda activate SqueezeMeta
(SqueezeMeta) .....
¶ Ejemplo de Script:
Recordar tener activado el entorno de SqueezeMeta antes de lanzar el script.
#SBATCH -p generic # Particion elegida para el trabajo(cola)
#SBATCH -N 1 # Numero de nodods solicitados
#SBATCH -n 20 # Numero de cores(CPUs)
#SBATCH --mem=80G # memoria total solicitada
#SBATCH -t 0-10:00:00 # Duracion solicitada para el trabajo (D-HH:MM:SS)
#SBATCH --job-name=squeeze # Nombre del trabajo
#SBATCH -o squeeze-%j.out # fichero de salida estandart
###################################################################################################################
################################# DESPLIEGUE DEL SOFTWARE A UTILIZAR #############################################
###################################################################################################################
# Limpiamos los posibles modulos que tengamos cargados previamente para evitar problemas
module purge
# Cargamos los modulos necesarios para ejecutar el trabajo
module load rama0.3
module load GCCcore/11.3.0
module load minimap2/2.24
###################################################################################################################
########################################## COMANDO A EJECUTAR #####################################################
###################################################################################################################
# Informacion sobre el trabajo en Drago
echo ""
echo "#################################################################"
echo "DATOS DE RECURSOS DEL TRABAJO EN DRAGO"
echo "Nombre del Trabajo: $SLURM_JOB_NAME"
echo "Numero de Trabajo: $SLURM_JOB_ID"
echo "Cola de Trabajo: $SLURM_JOB_PARTITION"
echo "Numero de nodos: $SLURM_NNODES"
echo "Numero de Cores (Tareas): $SLURM_NTASKS "
echo "Memoria por Core: $SLURM_MEM_PER_CPU"
echo "Directorio: $SLURM_SUBMIT_DIR"
echo "#################################################################"
echo ""
# numero de cores a utilizar - Debe coincidir con el numeto de cores solicitados
hilos=$SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE # Al seleccionar un Nodo podemos utilizar esta variable del Slurm directamente
# Fecha/Hora de inicio del trabajo
echo 'Trabajo iniciado en fecha:'
date
# Localizacion de los ficheros
# Comando para blastear un fichero de proteinas
SqueezeMeta.pl -m coassembly -p test -t $hilos -s test.samples -f Datos
# Fecha/Hora de fin del trabajo
echo 'Trabajo finalizado en fecha:'
date
De cualquier forma podrá descargar scripts desde servicio Git del CSIC,en caso haber disponibles para este software, a continuación: