La Suite Schrödinger está considerada como líder en el desarrollo de software de simulación química para uso en investigación farmacéutica y de biotecnología. El rango de productos cubre desde programas generales de modelización molecular, una serie integrada de software para diseño de fármacos, módulos para Docking y técnicas QSAR.
Dentro de esta Suite, se dispone de los programas: Canvas, CombiGlide, ConfGen, Core Hopping, Desmond, Epik, Glide, Impact, Jaguar, Knime Extensions, Liaison, LigPrep, MacroModel, Maestro, Materials Science Suite, MINTA, pka Predictor, Phase, Prime, Prime X, QikProp, QSite, SiteMap y Strike.
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Software licenciado, tipo en red con licencias concurrentes.
module load rama0.3
module load Schrodinger/2024-4
¡IMPORTANTE!
Scgrodinger solo tiene disponibles los -HOST siguientes:
- express_cpu[15/51]
- express_gpu[15/51]
- generic_cpu[15/51]
Mas abajo se muestran ejemplos de como usarlos.
Para lanzar trabajos con el módulo ifd, después de cargar los modulos de arriba se lanza el siguiente comando desde la línea de comandos:
Ejemplo de comando:
"${SCHRODINGER}/ifd" -JOBNAME IFD_9B6G_LigCon -HOST generic_cpu51 -NGLIDECPU 1 -NPRIMECPU 1 archivo.inp
Atención: El parámetro -HOST depende del nodo de login en el que estés:
- Si estás en el nodo de login drago310100015, usa -HOST generic_cpu15.
- Si estás en el nodo de login drago31020051, usa -HOST generic_cpu51.
-NGLIDECPU 1: Este flag define el número de CPUs que se utilizarán para la fase de Glide, que es la parte del cálculo que realiza el docking. En este caso, se está utilizando 1 CPU para Glide.
-NPRIMECPU 1: Este flag define el número de CPUs que se utilizarán para la fase de Prime, que es la parte del cálculo que realiza la optimización del ligando y el receptor. En este caso, se está utilizando 1 CPU para Prime.
Para lanzar trabajos con el módulo Jaguar, después de cargar los modulos de arriba se lanza el siguiente comando desde la línea de comandos:
Ejemplo de comando:
$SCHRODINGER/jaguar run inputfile.in -PARALLEL 12 -HOST express_cpu[15|51]
Sustituye express_gpu[15|51] por express_gpu15 o express_gpu51 según corresponda.
Atención: El parámetro -HOST depende del nodo de login en el que estés:
- Si estás en el nodo de login drago310100015, usa -HOST generic_cpu15.
- Si estás en el nodo de login drago31020051, usa -HOST generic_cpu51.
PARALLEL es el numero de cores, puede ser cambiado
Este comando se ejecuta directamenete desde nodo de login, y hace que el trabajo entre al sistema de colas. No se debe lanzar con el comando sbatch o desde una script.
Los trabajos con el módulo Desmond (con GPU exclusivamente) se lanzan con el siguiente comando:
Ejemplo de comando:
"${SCHRODINGER}/utilities/multisim" -JOBNAME desmond_example_job -HOST express_gpu[15|51] -maxjob 1 -cpu 1 -m desmond_md_job_1.msj -c desmond_md_job_1.cfg desmond_md_job_1.cms -mode umbrella -o desmond_md_job_1-out.cms
Sustituye express_gpu[15|51] por express_gpu15 o express_gpu51 según corresponda.
Atención: El parámetro -HOST depende del nodo de login en el que estés:
- Si estás en el nodo de login drago310100015, usa -HOST express_cpu15.
- Si estás en el nodo de login drago31020051, usa -HOST express_cpu51.
Este comando se ejecuta directamenete desde nodo de login, y hace que el trabajo entre al sistema de colas. No se debe lanzar con el comando sbatch o desde una script.