MAGMA es una herramienta para el análisis de genes y el análisis generalizado de conjuntos de genes de datos de GWAS (Estudios de Asociación del Genoma Completo). Puede utilizarse para analizar tanto datos genotípicos en bruto como valores p de resumen de SNP de un GWAS o metaanálisis previo.
Licencia CAMPUS.
Para poder usar MAGMA una vez logueado en drago.csic.es tendrá que cargar los siguientes módulos en mismo orden.
module load rama0.4
module load MAGMA-gene-analysis/1.09b
Creamos un script con el siguiente contenido
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=generic
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --mem=4000M
#SBATCH --job-name=G01
module load rama0.4
module load MAGMA-gene-analysis/1.09b