Cooltools es un conjunto de herramientas en Python diseñado específicamente para el análisis avanzado de datos de captura de conformación cromosómica (Hi-C). Su principal función es permitir el procesamiento flexible y reproducible de estos datos, que revelan cómo se pliega y organiza el genoma en el espacio 3D dentro del núcleo celular.
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Software libre para uso no comercial.
A continuacion se muestra un ejemplo como guía.
Primero cargamos el modulo con:
module load rama0.4 GCC/12.3.0 OpenMPI/4.1.5 cooltools/0.7.1
Vemos la version cargada con:
[test5@drago31020051 ~]$ python -c "import cooltools; print(f'cooltools version: {cooltools.__version__}')"
cooltools version: 0.7.1
Hacemos un ejemplo de prueba:
[test5@drago31020051]$ cat > prueba_util.py << 'EOF'
> import cooltools
> import numpy as np
>
> print("cooltools versión:", cooltools.__version__)
>
> # Crear datos simples
> datos = np.array([[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9]])
> print("\nDatos de prueba:")
> print(datos)
>
> # Intentar usar algo de cooltools si está disponible
> if hasattr(cooltools, 'lib'):
> print("\nMódulo 'lib' disponible")
>
> # Solo verificar que funciona
> print("\n✓ Instalación completada con éxito")
> EOF
Corremos el ejecutable creado:
[test5@drago31020051]$ python prueba_util.py
cooltools versión: 0.7.1
Datos de prueba:
[[1 2 3]
[4 5 6]
[7 8 9]]
Módulo 'lib' disponible
✓ Instalación completada con éxito